台灣兩大疫苗公司高端、國光積極投入各項新興疾病疫苗開發；醣基則投入醣分子流感疫苗平台技術研究。業界認為，疫苗產業長期在生醫領域受到忽略，在各公司積極投入下，有望形成新型產業鏈。
高端今年第2季取衛福部原則同意該公司旗下「腸病毒EV71型疫苗」的臨床三期試驗，將啟動臨床試驗收案。國光旗下子公司安特羅所執行的腸病毒71型疫苗，也即將展開三期人體臨床試驗。此外，國光旗下H7N9流感疫苗臨床國內三期將準備執行外，該公司自行開發的四價流感疫苗，已經完成歐洲的三期人體臨床試驗，預計今年底前在歐洲提出藥證申請。
至於生控公司研發中的首項藥品TVGV-1，為HPV相關疾病的治療型疫苗，如子宮頸癌、頭頸癌、肛門癌等，針對子宮頸癌高度癌前病變部分，計劃第二期臨床試驗的重心將轉回台灣進行。
除人用疫苗外，國內生醫公司在動物疫苗方面也多有斬獲，其中聯亞生技去年與上海申聯生物醫藥簽訂「豬口蹄疫合成肽疫苗」授權協議，取得近人民幣1億元（約新台幣4.7億元）的權利金，以及每年申聯再支付聯亞技術使用費，將攜手合作橫掃中國大陸動物疫苗市場。
另外，瑞寶基因旗下的豬口頭疫（豬藍耳病）疫苗，也搶進菲律賓跟俄羅斯，更積極在南韓、泰國等市場申請藥證。 