臺巴雙方簽有自由貿易協定，依據該協定雙方立即調降、5年內，10年內調降等3階段逐步取消雙方進口關稅，自2004年1月1日該協定生效起，至2013年已完成所有關稅調降時程，目前巴拿馬97%輸臺產品及臺灣95%輸巴拿馬產品皆降為零關稅，須注意廠商於巴國箇朗自貿區無需負擔關稅，爰臺巴FTA對我產品在該區之競爭力並無關聯。
依據我國統計，2018年我國出口巴國產品包括風扇(1,495萬美元)、空白光碟(620萬美元)、同軸電纜(546萬美元)、聚酯加工絲染色梭織物(478萬美元)、汽車零件(409萬美元)、塑膠袋(354萬美元)、電動機(279萬美元)等，然而因時代及產業變遷，如空白光碟較2017年衰退49%(網路逐漸代替光碟)，而同軸電纜成長54%，顯示儘管中國大陸已躍居巴國箇朗自貿區最大供應來源，我國輸巴仍有某些產品具利基。
2018年我國自巴進口產品則包括鋼鐵廢料(1,426萬美元)、冷凍去骨牛肉(618萬美元)、其他食物調製品(418萬美元)、鋁廢料(373萬美元)、咖啡生豆(348萬美元)、銅廢料(314萬美元)、冷凍白蝦(168萬美元)等，其中食物調製品大增1094倍，金屬廢料亦大為成長，蝦類衰退71.09%，牛肉及咖啡亦分別衰退26.5%及16.31%，前兩者儘管依臺巴FTA可免關稅輸我，惟似因難以取得巴國產證，致無優惠稅率。至巴國知名之藝妓咖啡(Geisha)品質優良，頗受國人追捧，惟熱度似有減退。
依上述臺巴間雙邊貿易結構，我國出口至巴國者多為工業製品，而巴國出口我國之貨品則以農牧產品及金屬廢料為主，雙方貿易型態短期內不致出現結構性改變。然而，因巴拿馬一般關稅不高，且與各國廣簽FTA下，其市場開放程度日益提高，我輸巴產品實際所享有之關稅優勢有限，爰我國每年享有之貿易順差逐年縮小。
巴國人口與市場規模較小，且不以製造業見長，占我整體進出口貿易比例甚微，惟臺灣市場對巴國出口產品重要性則相對較高，依巴國審計總署統計局資料，2018年我國為巴國第6大出口市場，僅次於荷蘭、美國、中國大陸、印度及哥斯大黎加，巴國白蝦、牛肉等產品因免關稅之優勢，成功進入臺灣市場。
